Doseljavanje Bošnjaka na područje Republike Hrvatske započelo je nakon 1878. godine i Austrougarske okupacije Bosne i Hercegovine, a masovniji dolazak Bošnjaka u Hrvatsku dešava se nakon Drugog svjetskog rata.
Prva adresa za Bošnjake, koji su trbuhom za kruhom dolazili u Hrvatsku, bila su pogranična područja poput Gunje, odakle su, često, odlazili dalje. Bošnjaci danas žive u različitim dijelovima Hrvatske, u većem broju nastanjeni su u Rijeci, Puli, Sisku, Dubrovniku i Gunji, no najveći broj Bošnjaka živi u glavnom gradu Zagrebu.
Inače, do prvih pokušaja preispitivanja imena Muslimani kao neprikladne vjerske oznake za označavanje nacionalne pripadnosti, dolazi nakon sloma komunističke vladavine, a nakon što je na Bošnjačkom saboru 1993. godine usvojena odluka da se Muslimanima vrati povijesno ime Bošnjaci, muslimanska etnička udruženja u Hrvatskoj, preimenovana su u bošnjačka.
Međutim, 1997. godine Bošnjaci/ Muslimani izbrisani su iz preambule ustava RH skupa sa Slovencima. Tek na zahtjev predsjednika Mešihata IZ Hrvatske navedeni su kao nacionalna manjima. Mešihat Islamske zajednice u Hrvatskoj, uz sve vjerske aktivnosti, odigrao je u poslijeratnom vremenu, značajnu ulogu u očuvanju identiteta Bošnjaka.
Bošnjaci su danas jedna od najobrazovanijih nacionalnih manjina u Hrvatskoj, a na očuvanju kulturne baštine Bošnjaka u Hrvatskoj rade brojna udruženja. Prema popisu iz 2011. godine, od oko 62 000 muslimana, Bošnjaka ima 31.479 ili 0,73% od ukupne populacije, što ih čini trećom najvećom etničkom grupom u državi.